Биологическое загрязнение водоёмов выражается в изменении их экосистем из-за попадания и размножения в воде различных живых организмов, которые негативно влияют на её качество и обитателей. Основные формы биологического загрязнения:

Попадание патогенных микроорганизмов – бактерий, вирусов, паразитов (например, кишечная палочка, холерный вибрион), что делает воду опасной для человека и животных.
Размножение водорослей (эвтрофикация) – массовый рост сине-зелёных водорослей из-за избытка органики и минеральных веществ, что приводит к цветению воды, снижению уровня кислорода и гибели рыб.
Инвазивные виды – попадание в водоём чужеродных организмов (рыб, моллюсков, растений), нарушающих естественное равновесие экосистемы.
Разложение органических отходов – сброс в воду биологических остатков (остатки растений, трупы животных), что приводит к развитию анаэробных процессов и образованию токсичных веществ (сероводород, аммиак).
Массовая гибель обитателей – следствие нехватки кислорода, токсинов или болезней, что усугубляет загрязнение разлагающимися останками.
Биологическое загрязнение опасно, так как ухудшает качество воды, нарушает пищевые цепи и может вызывать эпидемии среди людей и животных.